שמו המעולה של כולל 'זכרון יוסף', יצא לתהילה בעולם התורני, שאינו חסר כוללים, ואף על פי כן, הפך תוך זמן קצר לאחד הבולטים שבהם.

הפיכתו של זכרון יוסף ל 'פנינת הכוללים', נעוצה בשיטת הלימוד המהפכנית, אותה מנהיג. שיטה זו, הבנויה לפרוטרוט, ומאורגנת לפי כמות הספקים קבועה מראש, ומבחני עיון ובקיאות המשולבים בתכנית, מביאה לכך, שכל תלמיד מתלמידי הכולל יסיים כמה פעמים את הש"ס, ובד בבד יגלה רבדים ורזים עמוקים, החבויים בעומק שורות התלמוד. השיטה המדהימה בגאונותה, מעוררת השתאות יתר, דווקא על רקע הרעיון הפשוט,העומד בבסיסה - חלוקת אוצר הש"ס לחלקיו, עם פילוג זמן הלימוד לאופנים שונים.

הכולל מחולק לשבעה 'כוללים'- 'חבורות', כאשר נושא כל כולל הינו אחד הסדרים בש"ס; זרעים, מועד, נשים, נזיקין, קדשים, טהרות, והכולל השביעי הינו 'כולל קבלה'- בו נלמדים סדר דרעים או סדר טהרות, כתבי האר"י ז"ל וזוהר.

כל כולל לומד את נושאי הסדר, עליו הוא נמנה (זמ"ן נק"ט) בשלושה סדרי לימוד- השונים זה מזה בתכלית שיטת הלימוד הנוהגת בהם; (לינק לשלוש הקטגוריות הראשונות)

1. לימוד בעיון- במשך 'סדר בוקר'- סדר ראשון, נלמדים רב נושאי החומר בעיון מעמיק.
2. לימוד בבקיאות- במהלך סדר צהריים- סדר שני- נלמד החומר- הסדר כולו בבקיאות, בקצב של כדף ליום.
3. לימוד משולב- במהלך השעה האחרונה של סדר שני, כל אברך באחד מן הכוללים משתלב בכולל אחר. כך מקבל את האפשרות הנדירה- להתמצא באופן כללי ואף ספציפי במגוון הנושאים.
4. ירושלמי על הש"ס- במסגרת סדר שלישי לומדים האברכים ירושלמי על המשניות שנלמדו באותו היום. על ידי לימוד בשיטה זו, צוברים אברכי הכולל, בתום שבע שנים, לימוד של כשליש מן הש"ס, ושולטים בחומר בבקיאות עצומה, לאחר שאף ירדו לעומק רזיו החבויים ופרטי פרטיו.

בסיום כל חודש, נערכים שלושה ימי חזרה, כהכנה למבחן בעיון ובבקיאות על החומר שנלמד במשך החודש כולו. בתום מחזור לימוד בן שבע שנים- מסיים כל הכולל יחדיו את הש"ס, והצלחתו הגדולה הינה בשל כך, שכמות החומר האדירה, הנלמדת בכל מחזור שכזה, אינה מתפשרת על איכותה, ונרכשת ברמה העמוקה והגבוהה ביותר.